Les techniques de prélèvement, la conservation et le transport des échantillons utilisé pour analyses microbiologiques sont réalisés selon la norme ISO 17728 : Microbiologie de la chaîne alimentaire — Techniques de prélèvement pour l'analyse microbiologique d'échantillons d'aliments.
En générale : Prélever une partie homogène du produit alimentaire avec un outil approprié, la mettre dans un sac ou une boîte s’il s’agit de produits solides, ou dans un flacon s’il s’agit de produits liquides, et fermer hermétiquement le récipient pour prévenir toute fuite. Étiqueter le récipient